2000. 1 제8회 전국목회자신학세미나를 개최하다.
2000. 5 제3회 숭실기독문화정기포럼을 개최하다.
2000. 7 학술심포지엄 ‘희년 2000운동 -쥬빌리 2000이 걸어온 길’
2000. 1 제7회 기독교문화 및 신학 국제학술심포지엄을 개최하다.
2000. 1 평화학술심포지엄 ‘핀리핀 교회의 신학과 에큐메니칼 운동’
2001. 1 제9회 전국 목회자 신학 세미나를 개최하다.
2001. 6 제4회 숭실 기독문화 정기포럼을 개최하다.
2001. 1 제8회 기독교문화 및 신학 국제학술심포지엄을 개최하다.
2001. 12 학술심포지엄 ‘기독교와 아시아사회-평등사상과 불평등한 신분제의 만남’
2002. 1 제10회 전국 목회자 신학 세미나를 개최하다.
2002. 6 제5회 숭실 기독문화 정기포럼을 개최하다.
2002. 1 제12회 기독교문화 및 신학 세미나를 개최하다.
2002. 12 학술심포지엄 ‘동아시아사회와 근대 기독교의 수용 – 한, 중, 일을 중심으로’
2003. 2 제11회 전국 목회자 신학 세미나를 개최하다.
2003. 3 이인성 교수가 6대 소장에 취임하다.
2003. 9 제6회 숭실 기독문화 정기포럼을 개최하다.
2003. 11 제13회 기독교문화 세미나를 개최하다.
2003. 11 제 17회 정기학술대회 21세기 기독교 사회의 바람직한 패러다임
2003. 12 연구소 논문집 ‘기독교 사회 연구’ 창간호를 발간하다.
2004. 2 제12회 전국 목회자 신학 세미나를 개최하다.
2004. 12 제14회 기독교문화 세미나를 개최하다.
2005. 2 제13회 전국 목회자 신학 세미나를 개최하다.
2005. 3 이인성 교수가 제7대 소장으로 연임되다.
2005. 7 KTF/대한기독교서회와의 공동프로젝트로 한국 교회를 위한 최신 설교 정보제공 및 새 신자 교육, 전도 자료 및 성경 교육 프로그램 제공 사업(-2006)
2005. 7 제15회 기독교문화 세미나를 개최하다.
2005. 9 곽신환 교수가 8대 소장에 임명되다.
2006. 2 제14회 전국 목회자 신학 세미나를 개최하다.
2006. 11 제16회 기독교문화 세미나를 개최하다.
2007. 2 제15회 전국 목회자 신학 세미나를 개최하다.
2007. 2 제1차 콜로키움을 개최하다.
2007. 3 iBT TOEFL 운영업무 위탁사업(-2008.2)
2007. 3 이인성 교수가 9대 소장에 임명되다.
2007. 1 2007 숭실신앙강좌(10월 24일-11월 28일, 매주 수요일)를 개최하다.
2007. 11 제1회 지식인선교 신앙심포지엄을 개최하다.
2007. 11 개교 110주년기념 베어드학 학술대회를 개최하다.
2007. 11 제1회 『베어드학』 학술 대회
2008. 3 iBT TOEFL 위탁사업
2008. 4 2008-1 숭실신앙강좌(4월 16일-5월 7일, 매주 수요일)를 개최하다.
2008. 5 기독교사회연구소와 한국기독교문화연구소가 한국기독교문화연구소로 통합하다.
2008. 5 숭실대학교 기초연구소로 확정되다.
2008. 1 2008-2 숭실신앙강좌(10/13, 11/10,25, 12/8, 22)를 개최하다.
2008. 11 제2회 지식인 선교 신앙 심포지움-지식인을 부르시는 하나님(II)를 개최하다.
2008. 12 개교 111주년 기념 베어드학 연구 모임을 개최하다.
2009. 5 2009년 춘계 공동학술대회 및 통합총회-감사예배 개최 및 주관하다.(주최: 기독교학문연구회/기독학술교육동역회)
2009. 7 한국 문학과 종교학회를 개최하다.
2009. 8 한국 기독교 어문학회를 개최하다

2010. 01 제3회 지식인 선교 심포지움 개최 “세계화 시대의 기독 전문인 사역의 전망”

2010. 05 2010년 봄학기 숭실 신앙강좌 개최(5/10,17,24,31)

2010. 08 한국 기독교 어문학회 여름 학술대회 개최

2011. 01 제4회 지식인선교 신앙 심포지엄 개최

2012. 01 제5회 지식인선교 신앙 심포지엄 개최

2012. 11 개교 115주년 기념 베어드 학술대회 개최

2013. 01 연구총서『베어드의 선교와 사상』출간

2013. 03 박정신 교수(기독교학과) 10대 소장 취임

2013. 12 한국기독교문화연구소 정기세미나 개최 “교회 안의 문화 부족 연구”

2014. 02 학술지 『기독문화연구』 제6집 복간

2014. 03 곽신환 교수(철학과) 11대 소장 취임

2014. 05 한국기독교문화연구원 승격(총장직속부속기관)

2014. 10 한국기독교문화연구원 개원 기념 국제학술회의 개최

2015. 02 학술지 『한국기독교문화연구』 제7집 발간

2015. 09 서울시 민학협동과정 서울시민대학 인문학 강좌(3강좌) 개설

2015. 09 제2차 콜로키움 개최 “호주 장로교회의 한국선교”

2015. 10 정기학술대회 개최 “해방 이전 북한 기독교 I”

2016. 02 동계 세미나 개최 “해방 이전 북한 기독교 II”

2016. 02 학술지 『한국기독교문화연구』 제8집 발간

2016. 03 서울시 민학협동과정 서울시민대학 인문학 강좌(3강좌) 개설

2016. 05 제3차 콜로키움 개최 “베어드의 선교일기로 본 베어드의 인물상/편하설 그의 삶과 인문학”

2016. 06 정기포럼 개최 “의화단과 북한 기독교”

2016. 07 숭실뿌리찾기위원회 불휘총서 1권『윌리엄 베어드』간행

2016. 09 서울시 민학협동과정 서울시민대학 인문학 강좌(3강좌) 개설

2016. 09 정기포럼 개최 “개신교와 한국종교의 첫 만남”

2016. 10 애니 베어드 서거 100주년 기념 추모학술대회 개최

2016. 10 숭실뿌리찾기위원회·한국기독교문화연구원 공동학술대회 개최

2016. 11 정기포럼 개최 “중국 농촌 교회와 북한 기독교”

2016. 12 정기포럼 개최 “일제 강점기의 북한 교회”

2017. 02 학술지『한국기독교문화연구』제9집 발간

2017. 03 서울시 민학협동과정 서울시민대학 인문학 강좌(3강좌) 개설

2017. 04 불휘총서 2권~12권 간행

2017. 04 제4차 콜로키움 개최 “번역에서 만난 베어드”

2017. 04 정기포럼 개최 “일제 감정기의 기독교 교육”

2017. 05 불휘총서 13권~14권 간행

2017. 05 제5차 콜로키움 개최 “회고록을 통해서 만나 본 선교사 해밀턴”

2017. 06 제6차 콜로키움 개최 “한국인의 심성과 영적 분별”

2017. 06 정기포럼 개최 “영성과 캠퍼스 전도사역”

2017. 09 불휘총서 15권 간행

2017. 09 서울시 민학협동과정 서울시민대학 인문학 강좌(3강좌) 개설

2017. 09 아시아기독교사학회·한국기독교문화연구원 공동 국제학술대회 개최

2017. 10 국제학술대회 개최 “동북아 3국의 기독교 선교 – 그 수용 양상과 오늘의 현황”

2017. 11 정기포럼 개최 “예수의 선교에서 보는 그리스도인 아이덴티티에 대한 일고찰”

2018. 01 불휘총서 16권~19권 간행

2018. 02 학술지 『한국기독교문화연구』 제10집 발간

2018. 03 서울시 민학협동과정 서울시민대학 인문학 강좌(3강좌) 개설

2018. 05 황민호 교수(사학과) 12대 원장 취임

2018. 05 한국연구재단 HK+사업 (3+3년) 수주

2018. 10 2018년 정기학술대회 개최 “상흔을 넘어 통일로–전쟁과 평화 그리고 기독교”

2018. 11 제7차 콜로키움 개최 “북한교회의 최근 동향 (2000~2018)”

2018. 12 제8차 콜로키움 개최 “일제강점기 기독교문학”

2019. 03 제9차 콜로키움 개최 “옥호열(해롤드 뵐켈)의 생애와 활동”

2019. 06 제10차 콜로키움 개최 “개항기 이후 기독교의 수용과 민권의식의 성장”

2019. 09 제11차 콜로키움 개최 “‘내지인 반도작가’의 탄생과 그 전사”

2019. 11 제12차 콜로키움 개최 “일본근대전환기 신도형성에 있어서 기독교와 불교의 연대와 배반”

2019. 12 제13차 콜로키움 개최 “평양 숭실 마지막 교장 모의리”

2020. 07 장경남 교수(국어국문학과) 13대 원장 취임

2020. 10 제14차 콜로키움 개최 “식민지 시기의 기독교와 근대성”

2020. 11 제15차 콜로키움 개최 “한국개신교는 진정 극우적인가”

2020. 12 제16차 콜로키움 개최 “재일 코리아학의 지적 계보”

2020. 12 학술지 『한국기독교문화연구』 제14집 발간

2021. 01 제17차 콜로키움 개최 “맘충 혐오 현상의 후기-근대적 의미”

2021. 01 2020학년도 제1차 정기학술대회 “선교사와 한국학”

2021. 02 2020학년도 제2차 정기학술대회 “기독교계 문헌자료의 구축과 활용”

2021. 03 서울시 대학연계 서울시민대학 인문학 강좌(2강좌) 개설

2021. 05 제18차 콜로키움 개최 “평양 숭실의 교수 권세열 선교사 이야기”

2021. 06 학술지 『한국기독교문화연구』 제15집 발간

2021. 09 제19차 콜로키움 개최 “선교사들의 문서사역:동아시아 기독교 아카이브 역사와 전망”

2021. 09 서울시 대학연계 서울시민대학 인문학 강좌(2강좌) 개설

2021. 11 2021학년도 제1차 정기학술대회 개최 “선교사의 한국문화 이해와 문화생활”

2021. 12 한국기독교문화연구원 내 ｢평양학연구소｣ 설립

2021. 12 평양학연구소 설립 기념 2021학년도 제2차 정기학술대회 개최 “평양, 인문학으로 다가서기”

2021. 12 학술지 『한국기독교문화연구』 제16집 발간

2022. 01 제20차 콜로키움 개최 “조선의 성상파괴와 종교개혁: 무당과 유생의 대결”

2022. 01 제21차 콜로키움 개최 “근대 일본의 평양 표상”

2022. 02 연구총서『선교사와 한국학』간행

2022. 03 서울시 대학연계 서울시민대학 인문학 강좌(2강좌) 개설

2022. 05 제22차 콜로키움 개최 “코로나 펜데믹과 공공성, 그리고 한국 교회”

2022. 06 2022학년도 제1차 정기학술대회 “기독교 기록문화 유산 아카이브 : 현황과 전망”

2022. 06 학술지 『한국기독교문화연구』 제17집 발간

2022. 08 제23차 콜로키움 개최 “평양 숭실의 옛노래 : 발굴과 복원의 가치”

2022. 10 제24차 콜로키움 개최 “종묘로 보는 조선시대 종교문화”

2022. 10 학술지 『한국기독교문화연구』한국연구재단 등재후보지 선정

2022. 11 2022학년도 제2차 정기학술대회 “평양 숭실전문의 교수와 교육”

2022. 12 제25차 콜로키움 개최 “서학, 조선을 관통하다”

2022. 12 등재후보 학술지 『한국기독교문화연구』제18집 발간

2023.03 등재후보 학술지 제호 변경 : 『기독교와 문화』